【2026年10月】インボイス経過措置が70%控除へ経理実務と対策

こんにちは。マクシブ総合会計事務所です。

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2023年10月にスタートしたインボイス制度（適格請求書等保存方式）ですが、2026年10月1日をもって、免税事業者からの仕入に関する経過措置が「80%控除」から「70%控除」へと引き下げられました。

「まだ先の制度変更だと思っていた」「うちの会社は大丈夫だろうか」とお考えの経営者・経理担当者の皆様、まさに今（2026年10月以降）行っている日々の記帳や経理処理から、新しいルールが適用されています。

特に今月〜来月にかけては、「9月に行われた取引」と「10月に行われた取引」が混在するため、処理を誤ると過小控除（税金の納め過ぎ）や税務調査での指摘といったリスクに直結します。

本記事では、2026年10月からの変更点と、今まさに現場で対応すべき実務の注意点、見落とされがちな制限規定、そして今後のスケジュールまで、税理士の立場から詳しく解説します。

インボイス制度の「緩和措置」おさらいと最新スケジュール

インボイス制度が始まった際、急速な環境変化による事業者の混乱や負担増を避けるために、大きく分けて以下の3つの主要な緩和措置が設けられました。

①免税事業者からの仕入に関する「経過措置」（買手側の負担軽減）

②小規模事業者の税負担を抑える「2割特例」（売手側の負担軽減）

③少額取引の事務負担を減らす「少額特例」（帳簿保存のみで可とする事務緩和）

これらは制度定着とともに段階的に見直されており、現在（2026年10月）まさに「2割特例」の適用期間が終了期を迎え、仕入側の「経過措置」も控除率引き下げの節目を迎えています。

このうち、日々の経理実務に最も長く影響を与える「免税事業者からの仕入に関する経過措置」の控除割合推移は以下の通りです。

仕入税額控除割合の推移スケジュール

・〜 2026年9月30日：80%控除（終了）
・2026年10月1日～ 2028年9月30日：70%控除（★現在）
・2028年10月1日～ 2030年9月30日：50%控除
・2030年10月1日～ 2031年9月30日：30%控除
・2031年10月1日以降：控除割合 0%（完全終了）

当初の制度設計から税制改正を経て段階的なステップ（70%や30%）が新設・延長されましたが、「2026年10月1日以降の取引から、買い手企業の消費税負担が実質的に増えた」という事実に変わりはありません。

70%控除スタートで「今まさに発生している」実務リスクと注意点

控除率が70%に下がった今、現場で特に注意すべきリスクと重要規定は以下の通りです。

① 「9月取引・10月払い」の判定誤り（最重要）

今一番ミスが起きやすいのが「2026年9月跨ぎ（またぎ）の取引」です。

経過措置の判定は、「請求書の到着日」や「実際の支払日」ではなく、「取引日（納品日やサービス提供が完了した日）」で行います。

【実務例：9月末締め・10月末払いの外注費】

●取引日（納品完了）：2026年9月30日＝ 80%控除
●支払日：2026年10月31日

10月に届いた請求書や、10月に振り込んだ実績だけを見て機械的に会計ソフトへ入力すると、誤って「70%控除」で処理してしまい、納めなくてもよい消費税を納めてしまう（過少控除）エラーが発生します。

② 【要注意】特定1社の免税事業者から「年間1億円」を超える仕入は経過措置の対象外！

見落としがちな重要ルールとして、「同一の免税事業者からの課税仕入高が年間1億円を超える場合の適用制限」があります。

特定の免税事業者（1社または1人）から行った課税仕入の年間合計額が1億円（税込）を超える場合、その1億円を超えた部分については経過措置（70%控除等）が適用されず「控除不可（0%）」となります。
※全取引先の合算ではなく、「取引先（免税事業者）ごと」に判定します。

主要な外注先や取引先（免税事業者）の中に、年間1億円を超える大口の発注先がある企業の場合、1億円を超えた部分は一切控除を受けられず税負担が急増するため、取引先ごとの仕入金額の管理・判定が必須です。

③ 自社の消費税負担増（年間コストの増加）

例えば、免税事業者の外注先に年間500万円（税抜）を支払っている場合を考えてみましょう。

・80%控除の時期（先月まで）
50万円（消費税相当額）× 80% ＝ 40万円控除（控除できない金額：10万円）

・70%控除の時期（今月以降）
50万円（消費税相当額）× 70% ＝ 35万円控除（控除できない金額：15万円）

年間で5万円、取引先が多い企業では数十万〜数百万円単位で消費税の納付額が増加します。仕入税額控除に漏れた金額（上記例では15万円）は経費として処理することになるため、資金繰りや利益率のシミュレーションを早急に見直す必要があります。

70%控除における具体例と会計仕訳イメージ

実際にどのような記帳処理になるのか、免税事業者へ110,000円（税込）の外注費を支払った場合を例に見てみましょう。（※税率10%で計算）

消費税相当額は10,000円です。70%控除が適用されるため、控除できる消費税は7,000円、控除できない30%分（3,000円）は本体価格（経費）に加算されます。

■税込方式で記帳している場合

税込記帳の場合は、従来通り支払額の全額をそのまま経費計上するため、日々の記帳処理自体に変更はありません。

（借方）外注工賃 110,000円／（貸方）普通預金 110,000円
※決算時に会計ソフト側で自動的に控除額（7,000円）が集計されます。

■税抜方式で記帳している場合

税抜記帳の場合、仮払消費税として計上できるのは「70%分」のみとなります。

（借方）外注工賃 103,000円／（貸方）普通預金 110,000円
（借方）仮払消費税等 7,000円

控除できない3,000円分が「外注工賃」に上乗せされている点に注目してください。
クラウド会計ソフト等を使用している場合は税区分（「免税経過70%」等）を選択することで自動計算されますが、手動入力を行っている企業は特に注意が必要です。

経営者・経理担当者が今すぐ確認・実行すべき3つの実務チェック

制度が切り替わった今、直ちになすべき実務対応は以下の3点です。

チェック1：会計ソフトの「税区分設定」と自動判定の確認

お使いのクラウド会計ソフトや基幹システムが、2026年10月1日以降の取引日付に対して自動で「70%控除」の税区分を適用する設定になっているか確認してください。

手動で税区分を選択する仕様の場合、記帳ルールや入力マニュアルを今すぐ更新し、社内に周知する必要があります。

チェック2：免税事業者リストの再集計と「1億円枠」の確認

現在取引のある免税事業者への支払総額を改めて集計し、70%控除（および将来の50%控除）になった場合の自社の納税額を最新データで試算しておきましょう。

特に特定の取引先への年間仕入額が大きい企業は、個別の取引先ごとに「1億円」のラインを超えていないかどうかも併せてチェックが必要です。

チェック3：取引先（免税事業者）との価格・条件の再協議

控除率が下がったことを機に、取引先に対して「インボイス発行事業者への登録」を打診したり、税負担増を踏まえた取引条件の相談を行うケースが増えています。

ただし、独占禁止法や下請法に抵触するような一方的な値引き強制は厳禁です。
「消費税負担が双方でどう変化するか」の数値根拠を提示しながら、お互い納得のいく条件を模索しましょう。

今知っておきたいインボイス緩和措置 Q&A

Q1. 売り手側の支援策だった「2割特例」を使っていたのですが、どうなりますか？

A. 2割特例は「2026年9月30日を含む課税期間」をもって順次終了します。
インボイス転換時の強力な特例だった「2割特例（売上税額の2割だけを納めればよい制度）」も順次終了を迎えます。

なお、個人事業者については急激な税負担増を和らげるため、2割特例終了後も2年間限定の「3割特例（令和9年分・令和10年分）」などの軽減措置が用意されています。（※3割特例は個人事業者限定の措置であり、法人は対象外となります。法人は2割特例終了後、本則課税または簡易課税への移行が必要です。）
自社（または自身）がどの計算方式をとるのが最も有利か、事前にシミュレーションを行っておきましょう。